Dès l’élection du prince Louis-Napoléon Bonaparte en 1849 (qui devient Napoléon III après le coup d’état du 2 Décembre 1851), la franc-maçonnerie se retrouve de nouveau menacée et surveillée, placée sous la tutelle du Prince Lucien Murat, qui lui est imposée comme Grand Maître pendant une partie du Second Empire. Elle réussit à s’en affranchir et avec l’entrée dans les loges d’une nouvelle génération de jeunes républicains, elle s’oppose de plus en plus hardiment au Régime. Poursuivant sa radicalisation après la chute de Napoléon III en 1870, elle se lance avec fougue dans l’édification de la IIIème République. Entre-temps, de nombreux Frères parisiens, Félix Pyat, Jules Vallès et Jean Baptiste Clément (auteur du Temps des Cerises) parmi les plus connus, auront été communards en 1871, l’attitude des Loges de Province et du GODF lui-même ayant été beaucoup plus prudente.